На месте современной Истры с 1871 по 1930 год находился город Вознесенск. Нынешнее название города происходит от названия реки, на берегу которой он расположен.
Первое письменное упоминание о городе относится к 1589 году. В те времена на месте Истры находился монастырь, круженный деревнями, при котором позднее возник город Воскресенск.
Патриарх Никон, побывавший в этих местах в 1656 г., задумал создать здесь «подмосковную Палестину», пленившись красотой истринских мест. Этот замысел был осуществлен, и история города неразрывно связана с историей Новоиерасулимского монастыря, который был основан по приказу Патриарха. Потребности монастыря требовали большого количества работников, и уже к началу 18 века монастырские земли и сам город стали торгово-промышленным центром.
Статус города Воскресенск получил в 1871 году, а вскоре стал центром уезда. Со строительством вблизи Воскресенска железной дороги в начале 20 века началось бурное экономическое развитие города портмоне. К 1916 году в городе действовало уже десять промышленных предприятий.
Воскресенск стали также и культурным центром района. В Истре до сих пор действует старейший в области драматический театр, который был основан в 1908 году. В Воскресенске долгое время жил и творил А.П.Чехов. Город посещали также М.Ю. Лермонтов и А.И.Герцен.
В период Великой отечественной войны на территории Истринского района велись ожесточенные бои за подступы к Москве. В результате город был полностью уничтожен, а восстановление монастыря продолжается по сей день.
Сейчас Истра является современным промышленным центром, привлекательным для инвестиций. Крупнейшими предприятиями города являются филиал ОАО «Газпром», ОАО «Сокол», ООО «Лакталис Истра», ОАО «Ново-Иерусалимский кирпичный завод» и другие.